菌性痢疾，顾名思义是由细菌引起。抗生素可杀灭和抑制细菌的生长，所以要合理地应用有效的抗生素。所谓“合理”、“有效”，有多种含意，因为并非所有的抗生素都适用于治疗细菌性痢疾，应注意选择对痢疾杆菌有杀灭作用的抗生素。另外，应用抗生素时，在用药的方法，用药的疗程上，因急性、中毒性、慢性痢疾而有所不同。常用的药物有复方新诺明、氨苄青霉素、氟哌酸、吡哌酸、庆大霉素、卡那霉素、菌必治、痢特灵、黄连素等。在用药方法上，有口服和注射，注射分肌肉注入和静脉输入，还有将药物经肛门注入的灌肠。如前所述采用哪种方法，须根据不同年龄、病情的轻重、痢疾的类型(急性、中毒性、慢性)而决定。
急性痢疾患儿，如年龄较大，病情不重，可以在家服药治疗。如病情重，腹泻频数、高热不退，特别是婴幼儿应住院，经静脉用药。中毒性痢疾患儿则必须注射治疗。用药的疗程是7天，即使症状和大便性质都恢复正常，也应按时用药。对治愈的要求，最理想的是大便培养阴性。此外，还应作好对症处理，高热应及时降温，中毒性痢疾还需进行相应的抢救措施，如积极制止抽风，及时纠正休克等。

慢性痢疾的治疗难度较大，患儿久病身体虚弱，自身抗病能力差；所用抗生素较多、时间较久，细菌多产生了耐药性，治疗效果较差。因此，用药时间要长，还应根据患儿的症状采用不同的治疗方法。
常采用间歇疗法，即用药7～10天，停4天，再用药4天，如此用药整个疗程共23～26天。治疗效果不佳时，可采用药物灌肠，每日1次，疗程7～12天。还可同时用中药治疗。为提高患儿自身抵抗力，可采用支持疗法，小剂量反复输血或输血浆。